Il Teatro delle Muse di Ancona è gestito dalla Fondazione, della quale il Comune di Ancona è socio fondatore promotore. La Fondazione, attraverso il Consiglio di amministrazione, gestisce e garantisce la sede teatrale nonché la direzione amministrativa, i servizi di segreteria, la comunicazione del Teatro e ogni altra forma di attività di marketing e merchandising connessa alle produzioni artistiche realizzate. Gli sponsor affiancano l’attività della Fondazione.